Львівський національний університет імені Івана Франка
Лабораторія високопродуктивних обчислювальних систем
вул. Драгоманова, 50, Львів, 79005
тел.: (032) 2394677            e-mail:
ГоловнаКластерПрограмне забезпечення
Українська
English
Кластер
Новини кластера
Наші партнери

Програмне забезпечення

Операційна система: Scientific Linux 6.2 (ядро 3.6.6)

Бібліотеки програм: MPICH2, OpenMPI, FFTW, GotoBLAS, gsl (v. 1.15).

Інтерфейс паралельного програмування: MPI (MPICH2, версія 1.2.1-2.3 та OpenMPI, версія 1.5.3-3).

Мови програмування: С / С++, Fortran-77/90/95 (gcc - версiя 4.4.6); Perl (версiя 5.10.1); Python (версiя 2.6.6).

Програмне забезпечення для роботи з GP GPU: CUDA 5.0 Production Release.

Для проведення розрахунків користувачі можуть скористатися як власними програмами, так і готовими програмними пакетами. Посилання на деякі з таких пакетів програм подані нижче.

 

Список програм та їхні сторінки в Інтернеті:

біохімія, біофізика, біоінформатика

  • HMMER – реалізація методів HMM profile для чутливих пошуків у базі даних із використанням множинного вирівнювання послідовностей як запитів – hmmer.janelia.org
  • NCBI BLAST – Basic Local Alignment Search Tool, збірка інструментів, які використовуються, щоб шукати і знаходити області локальної схожості між послідовностями. Програма порівнює нуклеотидні або протеїнові послідовності з базою даних послідовностей, і обчислює статистичне значення відповідностей. Розробник National Center for Biotechnology Information – www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  • MPI-Blast – програма, яка паралеізує алгоритми NCBI BLAST, використовуючи бібліотеку MPI. Розробник Los Alamos National Laboratory – mpiblast.lanl.gov
  • biopython – набір скриптів, написаних на Python, для біологічних розрахунків – www.biopython.org
  • ClustalW – програма множинного вирівнювання послідовностей. Розробник European BioInformatics Institute – www.ebi.ac.uk/clustalw/
  • MrBayes – програма, використовувана для байєсівського виведення філогенезу. Розробник School of Computational Science at the Florida State University – mrbayes.csit.fsu.edu
  • T-Coffee – пакет множинного вирівнювання послідовностей. Розробник Information Genomique et Structurale at Centre National de la Recherche Scientifique – The T-Coffee Home Page
  • Emboss, European Molecular Biology Open Software Suite – набір інструментів, які використовуються для аналізу послідовностей.  Розробник European Molecular Biology Institute – emboss.sourceforge.net
  • Phylip, Пакет Виведення Філогенезу – пакет програм для виведення філогенезу або еволюційних дерев. Розробник Dept. of Biology at the University of Washington – evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
  • fasta – програма, яка використовується, щоб знайти у банках даних послідовності ДНК або протеїнів. Розробник University of Virginia – fasta.bioch.virginia.edu
  • Glimmer – система для пошуку генів у мікробній ДНК, зокрема в геномах бактерій, archaea і вірусів. Розробник Center for Bioinformatics and Computational Biology at the University of Maryland – www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/
  • TIGR Assembler – інструмент транслювання великих проектів
    встановлення послідовностей методом дробовика. Розробник J. Craig Venter Institute – www.jcvi.org/cms/research/software/
  • NAMD, MD код для великомасштабного біомолекулярного моделювання, від Theoretical Biophysics Group в University of Illinois
  • База даних програмного забезпечення структурної біології від групи Klaus Schulten
  • Обчислювальні ресурси біохімії, додаток до книги Computational Biochemistry and Biophysics, є величезна кількість посилань на програми МД, силові поля, згортання білка і т.д. (див. також непряме посилання)
  • Програми genamics.com: списки посилань на безкоштовне програмне забезпечення для молекулярної біології та біохімії (у тому числі Linux як платформи)
  • Обчислювальні засоби біології від Cornell Theory Center (Elber & Scheraga), в тому числі наприклад, згортання білків з допомогою молекулярної динаміки з мінімізацією, а також молекулярна динаміка, визначення білків і т.д.
  • AutoDock, від Art Olson's group в Scripps Research Institute
  • Molecular Modelling Toolkit, від Konrad Hinsen
  • Multidock, для протеїн-протеїнового докінгу
  • NMRCLUST, автоматична кластеризація ансамблю білкових структур
  • FlexX, молекулярний докінг від Tripos
  • DSSP стандартна програма визначення вторинної структури від Kabsch і Sander
  • CaGe, генератор графів, а також переведення в 3D- координати
  • deap, розподілені еволюційні алгоритми на python
  • WhatIf, Програма перегляду структури білка, аналізу та маніпуляцій з безліччю корисних функцій (див. також  посилання на веб-інтерфейс для деяких функцій)
  • Dino3D, Візуалізація біомолекул, поверхонь і т.д. (ці сторінки також містять хороший вступ до роботи з Povray)

молекулярна динаміка, квантова хімія, теоретична фізика, теоретична хімія

загальні наукові обчислення

Список постійно оновлюється. Слідкуйте за змінами на сторінці.

 


© 2003- Міжкафедральна лабораторія високопродуктивних обчислювальних систем,
Факультет електроніки та комп'ютерних технологій, Львівський національний університет імені Івана Франка
Останні зміни